William Joshua Allen (* 9. Juni 1829 im Wilson County, Tennessee; † 26. Januar 1901 in Hot Springs, Arkansas) war ein US-amerikanischer Jurist und Politiker. Zwischen 1862 und 1865 vertrat er den Bundesstaat Illinois im US-Repräsentantenhaus; später wurde er Bundesrichter am Bundesbezirksgericht für den südlichen Distrikt von Illinois.